Zoals bekend hebben enkele natuurbeschermingsorganisaties als Waddenvereniging, Vogelbescherming Nederland en de Faunabescherming bezwaren tegen de visserij en dan met name de kokkelvisserij. Daarbij lijken deze organisaties, in hun drang leden te werven en te behouden, informatie te verspreiden die niet volledig en achterhaald is.

Zo heeft de Waddenvereniging een website waarop veel aandacht is besteed aan kokkelvisserij. Helaas bevat deze site diverse onjuiste gegevens. De mesdiepte bij het vissen op kokkels is meestal 2 - 3 cm en geen 5 cm. Veel erger is de onjuiste constatering dat kanoetstrandlopers verdwijnen omdat nonnetjes het geweld van kokkelvisserij niet zouden overleven. Door het Rijksinstituut voor Visserijonderzoek (RIVO) is in het voorjaar van 1999 in de Waddenzee een bestand aan nonnetjes geïnventariseerd van 64.000 ton (versgewicht), in 2000 van 62.500 ton en in 2001 van 67.000 ton. Voor zover de nonnetjes voorkomen in kokkelbanken worden ze met het vissen weer overboord gezet, omdat ze smaller zijn dan de spijlbreedte van de korren en spoelmolens.

De suggestie van deze organisaties dat door het bevissen van kokkelbanken de mosselzaadbanken niet terugkeren is volstrekt onjuist. Het mosselzaad dat in het voorjaar van 1999 is gevallen blijkt overwegend te zijn gevallen op juist die plaatsen waar in 1998 op kokkels is gevist. (Rivo) Ook in 2001 is er een duidelijk val van allerlei schelpdieren op beviste gebieden.

De natuurbeschermingsorganisaties wijzen bij voortduring op de mogelijke onomkeerbare effecten als gevolg van bodemberoering veroorzaakt door de kokkelvisserij. De werkelijkheid is dat in de door het RIVO en de Universiteit van Utrecht uitgevoerde studie geen onomkeerbare effecten van kokkelvisserij konden worden aangetoond. Uit de beschikbare gegevens komt het beeld naar voren van tijdelijke effecten en van veerkracht en herstelvermogen, zowel wat betreft sedimenteigenschappen als bodemleven.

TNO geeft als reactie op het bezwaarschrift van de Waddenvereniging en Vogelbescherming tegen de afgifte van de vergunning in 1999: "Een wezenlijk effect van kokkelvisserij op de sediment-dynamiek, is niet aannemelijk. Dergelijke effecten zijn nooit adequaat aangetoond. Omdat kokkelvisserij niet plaats vindt in gebieden met zeegras en mosselbanken, is daarom ook een sprake van een negatieve invloed op herstel van zeegrasvelden en mosselbanken. Verdere inperking van de kokkelvisserij zal niet wezenlijk bijdragen aan de beoogde verbetering van omstandigheden voor schelpdier-etende vogels of voor de ontwikkeling van mosselbanken of zeegrasvelden".